Nonostante il nome con il quale lo s'identifica, si ritiene che anch’esso fosse dedicato alla dea Hera. Fu Costruito intorno al 450 a.C. seguendo lo stile architettonico dorico classico: lo stesso del Partenone di Atene.
La differenza tra la "Basilica" e il "Templio di Nettuno" si evidenzia facilmente confrontando le rispettive colonne: quelle della Basilica sono caratterizzate da un rigonfiamento a metà fusto; nella Basilica, inoltre, gli echini - cioè gli ornamenti a forma circolare su cui poggiano gli abachi dei capitelli - sono piatti.
Due altari s'innalzano nelle immediate vicinanze del Tempio di Poseidone, sul lato orientale. Originariamente ve n'era solo uno, di fattura greca; successivamente i romani, allo scopo di rendere più agevole l'accesso al Foro, lo tagliarono e costruirono un secondo altare di più ridotte dimensioni.